La chapelle du couvent qui abrite le tableau de Jésus Miséricordieux et la tombe de sainte Faustine constitue le cœur du Sanctuaire de la Miséricorde Divine de Cracovie-Łagiewniki. Ce petit sanctuaire, érigé dans l’ensemble conventuel de la Congrégation des Sœurs de Notre Dame de la Miséricorde et consacrée en 1891 (sous l’invocation de saint Joseph) a servi jadis non seulement aux sœurs et leurs pupilles, mais il est le témoin de la prière et des grâces extraordinaires (notamment des révélations du Seigneur Jésus et de la Très Sainte Vierge) que l’Apôtre de la miséricorde Divine a reçues en ce lieu. À son décès, c’est là qu’a été déposé le message de la Miséricorde Divine que par la volonté du Christ, elle avait transmis à l’Eglise et au monde entier. C’est pour cette raison que le Sanctuaire de Łagiewniki est devenu le haut lieu du culte de la Miséricorde Divine, d’où ce message se propage dans le monde entier et où des pèlerins viennent de tous les continents pour obtenir de nombreuses grâces, ce dont témoigne le nombre important de dons votifs placés dans les vitrines autour de la chapelle.
L’autel latéral à gauche abrite le tableau miraculeux de Jésus Miséricordieux peint par Adolf Hyła et consacré par le père Józef Andrasz SJ (qui fut à Cracovie le directeur spirituel de Sœur Faustine) le 16 avril 1944, le premier dimanche après Pâques. Des copies et reproductions de ce tableau se trouvent dans le monde entier et c’est ainsi que se sont accomplies les paroles que Jésus a adressées à Sœur Faustine lors de Sa première révélation : Je désire que l’ on vénère ce tableau d’ abord dans votre chapelle, puis dans le monde entier (P. J. 47).
Sous se tableau sur l’autel un petit cercueil de marbre blanc comporte les reliques de sainte Sœur Faustine, alors qu’une partie de ces reliques est située dans le prie-dieu devant l’autel, pour permettre aux pèlerins de lui rendre hommage de plus près et lui demander son intercession puissante dans leurs prières à la Miséricorde Divine.
Le maître-autel abrite une figure de Notre Dame de la Miséricorde, sainte patronne de la Congrégation, et dans les niches latérales de cet autel se trouvent les figures de saint Stanislas Kostka, le saint patron de la jeunesse, et de sainte Marie-Madelaine, la sainte patronne des pénitentes. L’autel latéral à droite contient le tableau de saint Joseph à l’Enfant. C’est lui qui a été dès le début le saint patron de cette chapelle et de l’ensemble du terrain, appelé jadis « Józefów » en son honneur. Sur les parois latérales figurent les icônes de saint Jean Paul II, de saint Ignace, saint patron de la Congrégation et du bienheureux abbé Michał Sopoćko, directeur spirituel de sainte Sœur Faustine.
En 1968, le cardinal Karol Wojtyła a inscrit la chapelle sous l’invocation de saint Joseph sur la liste des Sanctuaires du diocèse de Cracovie en raison de la tombe de la Servante de Dieu Sœur Faustine, visitée par de très nombreux pèlerins, et le 1er novembre 1992, le cardinal Franciszek Macharski, métropolite de Cracovie, a émis un décret officiel élevant la chapelle au rang de Sanctuaire de la Miséricorde Divine.
