Le sanctuaire de Lagiewniki comporte l’un des plus vieux cimetière de Cracovie – cimetière religieux fondé à la fin du XIXe siècle, dans les profondeurs de l’ancien jardin de la Congrégation des Sœurs de Notre-Dame de la Miséricorde. Y reposent les corps des sœurs, des aumôniers, des élèves de la Congrégation et des personnes liées au couvent de Lagiewniki. Au cimetière, pendant 28 ans, les restes mortels de St. Soeur Faustine ont reposé. Sont y enterrées entre autre la Supérieure générale, mère Michaele Moraczewska, soeur Kaliksta Piekarczyk qui a sacrifié sa vie dans l’intention de sauver Cracovie pendant la Seconde Guerre mondiale, mère Ksawera Olszamowska offrant sa vie dans l’intention d’établir à l’Eglise la fête de la Miséricorde Divine et de diffuser le message de la Miséricorde, et d’autres sœurs qui ont fait le sacrifice de leur vie dans des intentions différentes. Le cimetière religieux sur le côté sud est situé à côté de la basilique du sanctuaire de Lagiewniki et est souvent visité par les pèlerins. Sur le côté est, derrière la basilique, il y a un cimetière de la Première Guerre mondiale. Il n’y a pas de tombes séparées, mais une grande croix et un obélisque avec une plaque qui dit que 266 soldats de 15 pays européens y reposent. Au cours de la Première Guerre mondiale, une partie de la propriété du couvent a été saisie pour les besoins d’un grand hôpital militaire de plus de 1.000 lits. L’hôpital occupait aussi quelques casernes où des soldats de différentes nationalités atteints du typhus, du choléra, de la dysenterie, de la variole et de la fièvre scarlatine, alors des maladies infectieuses, étaient traités. Certains soldats ne pouvaient pas être sauvés, ils sont morst à l’hôpital et enterrés dans le cimetière derrière le mur du couvent.